Одним из важнейших направлений деятельности Фонда является подготовка номинаций природных объектов для их включения в Список всемирного наследия ЮНЕСКО. За время своего существования Фонд принял участие в подготовке следующих номинаций в России и в странах СНГ (звездочкой отмечены объекты, которые к настоящему моменту уже включены в Список):

• Куршская коса*
• Центральный Сихотэ-Алинь*
• Убсунурская котловина*
• Остров Врангеля*
• Плато Путорана*
• Ленские столбы*
• Таджикский национальный парк*
• Западный Тянь-Шань*
• Магаданский заповедник
• Ландшафты Даурии*
• Долина реки Бикин*
• Командорские острова
• Валдай - Великий водораздел
• Курильские острова
• Зеленый пояс Фенноскандии
• Дельта Волги
• Ильменские горы
• Тугайные леса заповедника Тигровая балка*
• Башкирские шиханы Торатау, Куштау и Юрактау

Также эксперты фонда принимали участие в подготовке номинаций Золотые горы Алтая* и Западный Кавказ*.

В настоящее время Фонд содействует подготовке номинаций Башкирские шиханы, Национальный парк "Кыталык", Большое Васюганское болото, Западный Саян.